Substancja w znaczeniu fizykochemicznym jest materią składającą się z obiektów (cząstek, atomów cząsteczek) posiadających masę. Substancją nie jest zatem np. fala lub pole sił (grawitacyjne, elektryczne). Substancja może być jednorodna w sensie chemicznym (np. związek chemiczny) i fizycznym (ośrodek ciągły), lub może być niejednorodna (mieszanina, granulat). Jej skład może nie być ustalony lub zmienny (np. żywność).^[1]

Termin w tym znaczeniu używany jest w naukach przyrodniczych fizyce, chemii, biologii.

W chemii rozróżnia się pojęcia:

• substancji prostej na określenie pierwiastka chemicznego,
• substancji złożonej na określenie związku chemicznego.

Szczególnie często określenie "substancja" pojawia się w terminologii biochemicznej i medycznej w postaci nazw:

• substancja czynna, substancja czynna na składniki leków;
• substancja biała, substancja szara na części mózgu;
• i inne jak substancja endogenna, egzogenna, psychoaktywna;

W fizyce termin "substancja" używany jest zazwyczaj bezprzymiotnikowo w jak najogólniejszym znaczeniu.